Depuis le début de la pandémie de Covid-19, le virus responsable de cette maladie, le SARS-CoV-2, n’a cessé d’évoluer et de se diversifier. Des milliers de variants ont ainsi été identifiés dans le monde, mais tous ne présentent pas le même intérêt ni le même danger pour la santé publique. Certains ont acquis des caractéristiques qui les rendent plus contagieux, plus virulents ou plus résistants aux vaccins. Ces variants sont dits préoccupants ou à suivre, selon le niveau de risque qu’ils représentent. Mais combien sont-ils exactement ? Quelles sont leurs origines, leurs particularités et leurs conséquences ? Et comment faire face à cette menace évolutive ? Cet article vous propose de faire le point sur ces questions, en s’appuyant sur des sources fiables et à jour pour savoir combien de variants covid 19 ?
Qu’est-ce qu’un variant du SARS-CoV-2 ?
Un variant du SARS-CoV-2 est une version modifiée du virus original, qui présente des différences au niveau de son code génétique. Ces différences sont appelées des mutations, et elles surviennent de manière aléatoire lors de la réplication du virus dans les cellules infectées. La plupart du temps, ces mutations n’ont pas d’impact significatif sur les propriétés du virus, mais parfois, elles peuvent lui conférer un avantage sélectif, comme une meilleure capacité à se transmettre d’une personne à l’autre, à échapper au système immunitaire ou aux anticorps produits par les vaccins, ou encore à provoquer des formes plus sévères de la maladie.
Pour détecter ces variants, il faut analyser le génome du virus, c’est-à-dire la séquence de son matériel génétique. Cette analyse est réalisée par des techniques de séquençage, qui permettent de lire l’ordre des nucléotides (les unités de base du code génétique) et de repérer les éventuelles modifications. Le séquençage est également utile pour suivre l’évolution du virus et sa diffusion dans les populations, en comparant les différentes souches circulantes entre elles et avec la souche originelle.
Quels sont les principaux variants du SARS-CoV-2 ?
Depuis l’apparition du SARS-CoV-2 fin 2019 en Chine, de nombreux variants ont été détectés dans le monde entier. Parmi eux, certains ont été classés comme préoccupants ou à suivre par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), en fonction de leur impact potentiel ou avéré sur la santé publique. Voici les principaux variants qui ont émergé depuis 2020 et qui sont actuellement surveillés :
- Le variant Alpha (B.1.1.7) : il a été détecté pour la première fois au Royaume-Uni en septembre 2020. Il présente plusieurs mutations, dont une (N501Y) qui augmente son affinité pour le récepteur ACE2 des cellules humaines, ce qui facilite son entrée et sa transmission. Il est estimé à être environ 50% plus contagieux que la souche originelle, et à entraîner un risque plus élevé d’hospitalisation et de décès. Il est également partiellement résistant aux anticorps produits par les vaccins ou par une infection antérieure, mais ces derniers restent efficaces pour prévenir les formes graves. Il est actuellement le variant dominant dans plusieurs pays, dont la France.
- Le variant Bêta (B.1.351) : il a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en octobre 2020. Il présente également plusieurs mutations, dont deux (E484K et K417N) qui réduisent la reconnaissance du virus par les anticorps neutralisants. Il est donc plus capable d’échapper à la réponse immunitaire et aux vaccins que la souche originelle, mais ces derniers restent partiellement efficaces. Il est également plus contagieux, mais pas plus virulent. Il circule principalement en Afrique du Sud et dans ses pays voisins, mais il a été détecté dans d’autres régions du monde, dont l’Europe.
- Le variant Gamma (P.1) : il a été détecté pour la première fois au Brésil en novembre 2020. Il présente les mêmes mutations que le variant Bêta (E484K et K417N), ainsi qu’une autre (N501Y) qui augmente sa transmissibilité. Il est donc également plus résistant aux anticorps et aux vaccins que la souche originelle, mais ces derniers restent partiellement efficaces. Il est également plus contagieux, mais pas plus virulent. Il circule principalement au Brésil et dans ses pays voisins, mais il a été détecté dans d’autres régions du monde, dont l’Europe.
- Le variant Delta (B.1.617.2) : il a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020. Il présente plusieurs mutations, dont une (L452R) qui augmente sa transmissibilité et une autre (P681R) qui accélère son entrée dans les cellules. Il est estimé à être environ 60% plus contagieux que le variant Alpha, et à entraîner un risque plus élevé d’hospitalisation. Il est également partiellement résistant aux anticorps et aux vaccins, mais ces derniers restent efficaces pour prévenir les formes graves. Il est actuellement le variant dominant dans plusieurs pays, dont l’Inde, le Royaume-Uni et les États-Unis.
- Le variant Omicron (B.1.1.529) : il a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2020. Il présente un nombre élevé de mutations (plus de 50), dont certaines affectent la protéine Spike, qui permet au virus de se lier aux cellules humaines. Il est suspecté d’être plus contagieux que les autres variants, mais son impact sur la gravité de la maladie et l’efficacité des vaccins n’est pas encore clairement établi. Il fait l’objet d’une surveillance renforcée et de mesures de restriction de voyage dans plusieurs pays.
- Le variant XE : il est un recombinant des variants Omicron BA.1 et BA.2, qui ont émergé en Afrique du Sud en novembre 2020. Le variant XE présente un nombre élevé de mutations, dont certaines affectent la protéine Spike, qui permet au virus de se lier aux cellules humaines. Le variant XE est suspecté d’être plus contagieux que les autres variants, mais son impact sur la gravité de la maladie et l’efficacité des vaccins n’est pas encore clairement établi. Le variant XE a été détecté pour la première fois en Angleterre le 19 janvier 2022. Il a ensuite été identifié dans d’autres pays, comme le Danemark, la Finlande, l’Allemagne, Israël et la France. Le variant XE fait l’objet d’une surveillance renforcée et de mesures de restriction de voyage dans plusieurs pays.
Combien de variants majeurs sont apparus depuis 2020 ?
Il n’existe pas de définition universelle et objective de ce qu’est un variant majeur du SARS-CoV-2. On peut toutefois considérer comme tels les variants qui ont été classés comme préoccupants ou à suivre par l’OMS, car ils présentent des caractéristiques qui les distinguent des autres variants et qui ont un impact sur la dynamique de l’épidémie ou sur la prise en charge des patients.
Selon cette définition, pour la question combien de variants covid 19, on peut compter six variants majeurs qui sont apparus depuis 2020 : Alpha, Bêta, Gamma, Delta, Omicron et XE (un variant détecté en Angleterre en septembre 2020, qui présente des mutations similaires à celles du variant Omicron). Ces variants sont répartis dans deux catégories : les variants préoccupants (VOC), qui ont démontré leur capacité à augmenter la transmissibilité, la gravité ou l’échappement immunitaire du virus ; et les variants à suivre (VOI), qui présentent des caractéristiques susceptibles de conduire à ces effets, mais dont l’impact n’est pas encore confirmé.
Ces six variants ne sont pas les seuls à avoir émergé depuis 2020, ni les seuls à être surveillés par les autorités sanitaires. D’autres variants ont été détectés dans différentes régions du monde, mais ils n’ont pas atteint le même niveau de diffusion ou d’importance que les six variants majeurs. Parmi eux, on peut citer le variant Lambda (C.37), détecté pour la première fois au Pérou en août 2020 ; le variant Mu (B.1.621), détecté pour la première fois en Colombie en janvier 2021 ; ou encore le variant BA.2.86, détecté pour la première fois en France en octobre 2021 ; mais ils n’ont pas été classés comme préoccupants ou à suivre par l’OMS à ce jour.
Comment faire face à l’émergence de nouveaux variants ?
L’émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2 est un phénomène naturel et inévitable, qui résulte de la diversité génétique du virus et de la pression sélective exercée par l’environnement. Il est donc impossible de prévenir totalement l’apparition de nouvelles formes du virus, mais il est possible de limiter leur diffusion et leur impact, en adoptant des stratégies adaptées et coordonnées au niveau mondial. Parmi ces stratégies, on peut citer :
- Le renforcement de la surveillance génomique : il s’agit de séquencer régulièrement le génome du virus dans les différents pays et régions du monde, afin de détecter rapidement les nouveaux variants, d’évaluer leurs caractéristiques et leur prévalence, et de suivre leur évolution. Cette surveillance permet également d’ajuster les mesures de contrôle et de prévention, en fonction du niveau de risque associé à chaque variant. Plusieurs initiatives internationales ont été lancées pour renforcer la surveillance génomique, comme le réseau GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) ou le consortium COG-UK (COVID-19 Genomics UK Consortium).
- L’adaptation des mesures sanitaires : il s’agit de maintenir ou de renforcer les gestes barrières, le dépistage, le traçage des contacts, l’isolement des cas positifs et le respect des quarantaines, afin de réduire la transmission du virus et de limiter l’apparition de nouveaux variants. Ces mesures doivent être adaptées en fonction de la situation épidémiologique locale et du niveau de circulation des variants. Par exemple, certains pays ont mis en place des restrictions de voyage ou des contrôles aux frontières pour éviter l’importation ou l’exportation de variants préoccupants.
- Le développement de vaccins universels : il s’agit de concevoir des vaccins capables de protéger contre tous les variants du SARS-CoV-2, ou du moins contre les plus dangereux. Ces vaccins pourraient être basés sur des parties communes du virus, comme la protéine N (nucléocapside), ou sur des combinaisons de plusieurs antigènes (les substances qui déclenchent la réponse immunitaire), comme la protéine Spike et ses différentes mutations. Plusieurs équipes de recherche travaillent actuellement sur le développement de vaccins universels contre le SARS-CoV-2, mais ils ne sont pas encore disponibles.
- La solidarité internationale : il s’agit de partager les ressources, les informations, les technologies et les expériences entre les différents pays et régions du monde, afin de faire face à la pandémie et à ses conséquences. Cette solidarité passe notamment par une distribution équitable des vaccins et des traitements, une coopération scientifique et médicale, une coordination politique et diplomatique, et une sensibilisation des populations. Plusieurs initiatives internationales ont été lancées pour promouvoir la solidarité face à la Covid-19, comme le mécanisme COVAX (COVID-19 Vaccines Global Access) ou la résolution 74/274 de l’Assemblée générale des Nations unies.
Les variants du SARS-CoV-2
Les variants du SARS-CoV-2 sont des formes modifiées du virus original, qui présentent des différences au niveau de leur code génétique. Ces différences peuvent avoir un impact sur la transmissibilité, la gravité ou l’échappement immunitaire du virus. Depuis 2020, six variants majeurs ont été identifiés comme préoccupants ou à suivre par l’OMS : Alpha, Bêta, Gamma, Delta, Omicron et XE. Ces variants représentent un défi pour la lutte contre la pandémie, mais ils ne sont pas insurmontables. Des stratégies adaptées et coordonnées peuvent permettre de limiter leur diffusion et leur impact, comme le renforcement de la surveillance génomique, l’adaptation des mesures sanitaires, le développement de vaccins universels et la solidarité internationale.
